相关科学研究显示：新生儿服用优质的EE型鱼油胶囊可能会产生某些潜在疾病，不宜作为新生儿维生素 AD 的补充。同时，EE型鱼油胶囊有抑制血小板凝聚的作用，若有凝血功能不全(如血友病患者)则不宜服用厦门EE型鱼油胶囊，而少数过敏体质者也不能服用。肝病患者：摄入高剂量的EE型鱼油胶囊可能会增加肝病患者出血的危险。对健康成年人来说，EE型鱼油胶囊也不是多多益善的。有一些EE型鱼油胶囊添加了脂溶性的维生素，过多摄人会导致维生素中毒等副作用。

研究者开发了一种自乳化的药物运输系统（SEDDS，self-emulsifying drug delivery system）—AquaCelle Omega-3 EE，在随机双盲试验中，研究者发现，当服用AquaCelle产品后，患者对优质的EE型鱼油胶囊的吸收水平增加了6倍；研究者招募了60名参与者进行单次680mg胶囊剂量的试验，这些胶囊中含有EPA和DHA乙酯（omega 3s），成分中含有或不含AquaCelle。研究者发现，当摄入含有乳化剂的胶囊后，AquaCelle组参与者机体优质的EE型鱼油胶囊的吸收和血浆浓度都会明显升高。

1、肝病患者，肝病患者如果摄入过多的优质的EE型鱼油胶囊，会导致自己出现出血的危险，因而不建议肝病患者食用优质的EE型鱼油胶囊。2、海鲜过敏者，海鲜过敏人群在服用EE型鱼油胶囊、海豹油等保健品时要注意，很可能也会引发过敏症状，因而不建议海鲜过敏者服用。3、躁郁症抑郁症，抑郁症患者需要一直服用抵抗抑郁症的药物才能使得病情得到良好的控制。但如果服用过多的优质的EE型鱼油胶囊，就会导致我们的症状变得更加严重。4、糖尿病患者，在摄入过高的EE型鱼油胶囊之后，也会导致糖尿病患者的血糖，没有办法有效的控制。

优质的EE型鱼油胶囊对眼睛和视力有好处，像大脑一样，omega-3脂肪是眼睛结构的重要组成部分。有证据表明，身体没有足够的ω-3脂肪酸，眼部疾病风险会更高。此外，随着年龄的增长，眼睛的健康程度开始逐渐下降，这可能导致黄斑变性（AMD）。 一项研究发现，服用大剂量的优质的EE型鱼油胶囊超过四个半月可以改善所有AMD患者的视力。两项较大规模的研究针对ω-3脂肪酸和其他营养素对AMD的综合影响，一项研究显示出积极效果，而另一项研究显示没有效果。因此，目前结果不明确。